Helinä Rautavaaran museon kokoelmat sisältävät taide-, rituaali- ja käyttöesineitä Afrikasta, Aasiasta ja latinalaisesta Amerikasta. Henkilöhistoriallinen kokoelma sisältää esineitä myös Euroopasta. Noin 3000 yksikön esinekokoelmat painottuvat 1900-luvun afrikkalaiseen ja brasilialaiseen esineistöön. Museossa on muun muassa Suomen laajin länsiafrikkalaisten esineiden kokoelma. Museoesineiden lisäksi kokoelmiin kuuluu valokuva- ja audiovisuaalisia aineistoja.
Kokoelmien saavutettavuutta on parannettu julkaisemalla osa esinekokoelmasta museoiden yhteisessä Suomen museot online –portaalissa. Helinä Rautavaaran museon esineet löytyvät hakukoneen kautta. Laita täsmähaun museo-kohdan hakusanaksi Helinä.
Museon kokoelmapoliittinen ohjelma vuosille 2012-2013 (pdf).